化学清洗中由于常采用循环清洗，清洗液与金属表面间的相对运动引起金属加速腐蚀称冲刷腐蚀。各种管道系统，特别是弯头，肘管等都会遭受清洗液的冲刷腐蚀。酸洗中清洗液流速越大，融垢及剥离垢的效果越好，有部分垢质还可以冲刷脱落，但流速越大，冲刷腐蚀就大大加快。通常要求酸洗液流速在0.2-lm/s之内。若流体中含有固体颗粒，冲刷腐蚀更为突出，化学清洗先用水将大量的杂质清理干净，尽量提高清洗泵站的干净程度。冲刷腐蚀也是造成设备不同部位过洗的原因之一。
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化学清洗药品的选择与使用选择适宜的化学清洗药剂及合理的清洗方案涉及许多因素。要与设备制造商、RO膜元件厂商、或RO特用化学药剂及服务人员取得联系。确定主要的污染物，选择合适的化学清洗药剂。有时针对某种特殊的污染物或污染状况，要使用RO药剂制造商的专用化学清洗药剂，并且在应用时，要遵循药剂供应商提供的产品性能及使用说明。特殊情况下可针对具体情况，从反渗透装置取出已发生污染的单支膜元件进行测试和清洗试验，以确定合适的化学药剂和清洗方案。为达到佳的清洗效果，有时会使用多种化学清洗药剂进行组合清洗。典型地程序是先进行低pH值清洗，去除矿质垢污染物，再进行高pH清洗，去除有机物。有些情形下，是先进行高pH清洗，去除油类或有机污染物，再进行低pH清洗。有些清洗溶液中加入了洗涤剂以帮助去除严重的生物和有机碎片垢物，可用其它药剂如EDTA整合物来辅助去除胶体、有机物、微生物及硫酸盐垢的。需要慎重考虑的是如果选择了不适当的化学清洗方法和药剂，污染情况会更加恶化。