合规风险和运营风险之间存在高度交叉关系。一方面，操作风险通常是由违反内部规章制度和法律法规引起的，而内外部法规的一致性并不是操作风险管理的重点。例如，如果怀疑存在欺诈性账户管理，单个银行往往无法追踪资金流动的去向，导致因未能履行反洗钱义务而产生合规风险，但在操作风险层面可能不会形成非法操作。
另一方面，合规风险管理的一项重要工作是确保内外部法规的一致性，这是操作风险管理的出发点。从外部监管向内部监管的转变存在一定的时滞。与操作风险对企业经营行为的直接影响不同，操作风险管理的结果可以降低合规风险的程度，并作为评估合规风险管理有效性的主要依据。内部控制主要解决风险管理体系的全面性、合规性和有效性问题，是风险管理体系的基础和工具；合规管理解决了遵守外部和内部规则的问题；操作风险主要解决内部规则与实际执行之间的一致性。合规风险、操作风险和内部控制相互补充、相互影响，共同推动风险管理体系的完善。这三者之间的界限并不清楚。许多合规管理工作本质上属于操作风险管理行为，这在很大程度上制约了合规管理的性发挥。银行实现可持续发展的要求不仅是自身的监管要求，也是自身的监管要求。城市商业银行必须构建面向未来的合规管理体系。
对任何银行来说，发展停滞都是大的风险。保持合理的发展速度对保持公众信心具有特殊意义。风险管理的目标是为业务发展保驾护航。合规必须成为所有员工的行为准则，才能有效。
确保合规部门的独立性，明确合规部门第二道防线的职能，整合和充实合规资源，充实反洗钱、消费者权益保护等外部监管部门对合规部门的职能，落实合规机制。整合内部和外部合规的合规风险管理体系是发展方向。目前，合规部主要与法律部合并。有必要在第二道防线上考虑合规、运营风险和内部控制的整合。
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合规管理是一个动态的过程。合规部门自身应将工作机制从“重外轻内”转变为“内外并重”，以风险为导向，以业务发展为核心，以外部法规为准绳，深入本行基层和一线员工，共同研究如何将外部法规与当地实际有机结合，为各项业务规则设定红线和底线，依托现有资源开展风险调查和政策宣传，所有合规政策必须在全体员工中内化和外化，成为行动的指南。