洁净室一般至少要经过三级过滤，空气处理机组配备初、中效过滤器，送风末端配高效过滤器。除了本身不能有任何的泄漏，过滤器在空调箱的密封也要引起注意。
洁净室的冷负荷的计算冷负荷通常可按《采暖通风与空气调节设计规范》等规范计算。洁净室空调负荷包括夏季的空调冷负荷和冬季的空调热负荷，但洁净空调的冷负荷又有其特殊性，一般情况下洁净室处于建筑的内区，所以围护结构引起的冷负荷可按稳定传热计算。
另外，对于洁净空调系统，负荷还应包括新风负荷和二次加热负荷[7]~[10]。5洁净室的送风量计算洁净室的送风量计算不同于一般的空调房间,因为经过过滤处理送入洁净室内的清洁空气除了要保证室内的温湿度满足要求外,还要稀释室内的污染物,以维持室内的空气洁净度,并且要保证室内的新风要求。参考黄晓静等人[7]~[11]的设计分析，洁净室内的送风量应取下列大值:（1）为保证空气洁净度等级需要的送风量；（2）根据热湿负荷计算确定的送风量；（3）向洁净室内供给的新风量。生产厂房中的净化空调系统的风量和换气次数应满足GMP规定要求，根据关志涛的研究[12]：10万级洁净度厂区:换气次数应15次/小时，万级洁净度厂区:换气次数应25次/小时，百级净化空调系统断面风速应取V=0.45m/s。