通过分子碰撞原理接触病源体，干扰病原体的重要酶系统，影响菌体代谢的消毒剂：
主要有氧化剂和卤素类消毒剂。此类消毒剂是通过氧化还原反应损害细菌酶的活性基因或因化学结构与代谢物相似，竞争或非竞争性地同酶结合，抑制酶的活性，引起菌体死亡。高浓度时具一定毒性，可用于空室消毒，也可带鸡消毒。
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1.氧化剂类消毒剂：
过氧乙酸、高锰酸钾，过氧乙酸又名过醋酸，有强烈的醋酸味，性质不稳定，易挥发。好用市售20%浓度、在半年内生产的。现用现制现配，对霉菌和芽胞均有效，因其对组织有强烈的刺激性及腐蚀性，很少用于带猪消毒，因猪的嗅觉极其灵敏，带猪消毒常引起猪的应激。一般用量0.1%～0.5%。高锰酸钾常与甲醛溶液混合用作熏蒸消毒。过氧乙酸、高锰酸钾在酸性环境中作用力强，不要在碱性环境中使用。
2.卤素类消毒剂：
(1)氯化合物：漂白酚(次氯酸钠溶液、漂粉精)、氯胺、二氯异氰尿酸钠、三氯异氰尿酸钠等有氯臭(漂白粉味)的一类消毒剂：新出厂的氯化合物消毒力特别强，但性质不稳定，作用力不持久，见光易分解，必须现配现用。因氯遇水以后，可生成盐酸和次氯酸，所以氯化合物在酸性环境中消毒力较强，在碱性环境下作用力减弱，对金属有一定的腐蚀作用，对组织有一定的刺激性。应用广泛，商品名称多的氯化合物是二氯异氰尿酸钠，一般用其0.5%～1%溶液杀灭细菌和病毒，用5%～10%溶液杀灭芽胞。冬季用量是夏季的3倍～5倍，作用时间是夏季的5倍～8倍。