在城市规划中，水系的问题主要分两大块：一个是量的问题；一个是质的问题。关于量的方面，城市中应保留多少水体是宜居的？《城市水系规划规范》引入了“水域面积率”的标准，但不是强制标准，是一个适宜的范围值。关于质的方面，清洁的水体能提升生活环境，黑臭的水体会丧失其功能，严重影响人的生活。近住建部非常重视黑臭水体的整治，对全国城市的黑臭水体进行挂牌督察行动。
建设生态河堤是现代城市河流治理的发展趋势
据有关资料介绍，在城市中保持自然是当今国际上的城市治理准则，河道的治理也不例外。自以90年代以来，采用混凝土施工、衬砌河床而忽略自然环境的城市水系治理方法，已被各国普遍否定，建设生态河堤已成为国际人趋势。
在水质污染方面，城市水体污染有面源污染和点源污染，增加水域面积率可提高水体的自净能力和区域水体的环境容量。城市规划应充分利用滨水生态保护带，提升城市的滨水景观，大幅提高公共活动空间；削减城市的面源污染，提高城市水体水质，改善城市滨水空间环境；为城市发展留有足够的水域空间，减少城市发展带来的防洪排涝压力，提高城市防洪安全。对于点源污染，城市建设中应重视污水系统建设（包括污水处理厂和污水管道），杜绝工业废水对水体的污染。
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在城市规划中存在对水认识不足、水体空间保护缺失和防止水质污染缺乏重视等问题。常常为了增加城市建设用地，填埋和侵占水体空间，如填埋水库、湖泊及低洼湿地，侵占河涌的排洪通道等；在水质污染方面，几乎没有防止面源污染的意识。