堆肥过程中的微生物：在堆肥初期，中温性、利用易降解有机物质迅速繁殖的微生物占优势；随着温度的升高，嗜热微生物逐渐增多，温度超过60℃以后，连耐热程度低的嗜热真菌也不再能存活，仅剩下嗜热细菌和放线菌。
温度回落后，中温微生物又重新定殖，但此时由于易分解的有机物质已基本耗尽，重新定殖的微生物仅是那些能利用复杂有机物质的种类。在堆肥化过程的后期，由于易利用和较易利用的有机物质逐渐消耗，仅剩下木质素等非常难分解的物质，微生物之间的竞争也逐渐趋激烈，能在一定程度上分解木质素并能产生抗生素的放线菌逐渐占优势。好氧堆肥的影响因素：化学因素：C/N 比（30：1）；含氧量（>10% ）；营养平衡；pH 值（5.5-8.5。物理因素：温度（50-60℃）；颗粒度；含水率（45-60% ）好氧堆肥的条件控制：（1）有机物问题有机质含量低，发酵过程中产生热量不足，同时终肥效低；有机质过高，通风供氧较为困难，易造成供氧不足而产生恶臭。
有机质适合范围为 20%-80%。无机物含量过高，需对垃圾进行预处理，去除无机成分；发酵前掺入一定粪水、污泥等；垃圾与污泥混合堆肥。（2）碳氮比控制碳为微生物生命活动提供能源，氮则用于合成细胞原生质。
堆肥发酵过程中，碳氮比逐渐下降。碳氮比佳为 25-35：1；低于 20：1时，微生物繁殖因能量不足而受到抑制，分 解缓慢且不彻底；高于40：1时，堆肥施入土壤导致“氮饥饿”，夺取土壤中的氮。通过在垃圾中加入人粪尿、畜粪以及城市污泥等调节剂，使碳氮比调到30以下。