为全面贯彻落实新时期办院方针，中国科学院知识产权工作指导思想是“鼓励创造，重视保护，加强转化，创新管理”。鼓励创造，就是要鼓励和支持创造自主知识产权核心技术、具有国际竞争力的原创性发明。
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知识产权分析评价服务认证证书申报 知识产权的管理工作
重视保护，就是要注重在经济全球化环境下保护国家自主知识产权，注重在市场经济条件下保护我院知识产权权益。加强转化，就是要着力提高知识产权的转化利用率，发挥知识产权的社会效益和经济效益。创新管理，就是要坚持市场导向，创新管理方法，调整利益机制，集成社会要素，构建适应市场经济要求、符合知识经济时代特点、符合我院整体发展要求的知识产权管理体系。
国科学院重点管理和保护的知识产权主要包括：（1）申请专利的权利、专利申请权和专利权；（2）著作权及与著作权有关的权利；（3）商标专用权；（4）植物新品种权；（5）集成电路布图设计专有权；（6）商业秘密（包括技术秘密）；（7）研究机构名称、徽章及网络域名等标记专有权；（8）国家法律规定的其它知识产权。
实现以传统的成果管理为主转向知识产权全过程管理为主、以单纯的知识产权保护为主转向知识产权应用为主，全面加强知识产权创造、保护、管理和运用等环节的管理工作，建立符合现代科研院所特点的知识产权工作体系，不断提高原创性自主创新能力，为将我国建设成为创新型国家发挥骨干引领和示范带动作用，做出基础性、战略性、前瞻性的重大贡献。
中提升院知识产权管理的信息化水平。利用院ARP系统，建立覆盖全院的知识产权管理信息系统，为院知识产权管理与相关评估评价提供信息支撑。实现与国家知识产权局专利文献馆、检索系统数据库的共享，为研究所提供知识产权综合信息与咨询服务。