导致生产控制系统不再是一个独立运行的系统，而要与管理系统甚至互联网进行互通、互联。工控系统采用通用软硬件带来的风险工业控制系统向工业以太网结构发展，开放性越来越强。基于TCP/IP以太网通讯的OPC技术在该领域得到广泛应用。
在工业控制系统中，由于工业系统集成和使用的便利性，大量使用了工业以太环网和OPC通信协议进行了工业控制系统的集成;也大量的使用了PC服务器和终端产品，操作系统和数据库也大量的使用了通用的系统，很容易遭到来自企业管理网或互联网的病毒、木马、黑客的攻击。
工业控制系统安全防护设计通过以上对工业控制系统安全状况分析，我们可以看到，工控系统采用通用平台，加大了工控系统面临的安全风险，而“两化融合”和工控系统自身的缺陷造成的安全风险，主要从两个方面进行安全防护。通过“三层架构，二层防护”的体系架构，对工业企业信息系统进行分层、分域、分等级，从而对工控系统的操作行为进行严格的、排他性控制，确保对工控系统操作的唯一性。通过工控系统安全管理平台，确保HMI、管理机、控制服务工控通信设施安全可信。2.1构建“三层架构，二层防护”的安全体系工业控制系统需要进行横向分层、纵向分域、区域分等级进行安全防护，否则管理信息系统、生产执行系统、工业控制系统处于同一网络平面，层次不清，你中有我、我中有你。来自于管理信息系统的入侵或病毒行为很容易对工控系统造成损害，网络风暴和拒绝式服务攻击很容易消耗系统的资源，使得正常的服务功能无法进行。